A fellebbviteli bíróság nem értett egyet az alsó fokú bíróságnak azzal a 2003. évi indoklásával, hogy a történelmi ügy rendezése teljes egészében a diplomáciára tartozik. 
Idős holokauszt-túlélők eredetileg 1999-ben a San Franciscó-i szövetségi bíróságon indítottak gy?jtőpert a Vatikán bankja, az IOR (Istituto per le Opere Religiose) és a ferences rend ellen. A bank a felperesek szerint több száz millió dollár értékben jutott az usztasa rezsim által elrabolt aranyhoz és más kincsekhez. A rezsim 700 ezer embert gyilkolt meg a jasenovaci haláltáborban és másutt, többségükben szerbeket.
A vatikáni bank cáfolja a felperesek állítását, miszerint a második világháború idején átvette a hitleri Németországgal szövetséges fasiszta horvát állam által zsidóktól, szerbektől, cigányoktól és más áldozatoktól összerabolt kincseket. A felperesek ügyvédje kifejezte reményét, hogy az ügy végére hamarosan pontot lehet tenni, mivel ügyfelei már több mint ötven éve várnak kárpótlásra.
Az ügyvéd jelezte, hogy a fellebbviteli bírósági döntése, valamint az új pápa megválasztása új helyzetet teremt, amelyben esetleg peren kívüli megegyezés jöhet létre. 
A svájci bankok 1998-ban elfogadták, hogy 1,25 milliárd dollárt fizetnek a nácizmus áldozatainak és hozzátartozóiknak, akik azzal vádolták az alpesi ország bankjait, hogy eltitkolták sok millió dollárt érő betétjeiket, és dokumentumokat semmisítettek meg a nyomok eltüntetése végett.

Horvátország "megkeresztelése"

Miután Hitler 1941 áprilisában elfoglalta Jugoszláviát, a katolikus Horvátország elszakadt az ortodox Szerbiától. Az újonnan létrehozott ország "árja" státust nyert, és független államként Ante Pavelic uralma alá került. Az usztasák ("felkelők" – ahogy magukat nevezték) egyházi támogatásban is részesültek. Április 14-én Alojzije Stepinac érsek, Horvátország prímása Zágrábban személyesen látogatta meg Pavelicet, hogy gratuláljon győzelméhez. Pavelic és usztasái II. Tomislav néven Spoleto hercegét ültették bábkirályként a horvát trónra. XII. Pius pápa a koronázási szertartást megelőző napon Rómában fogadta az újdonsült királyt, Ante Paveliccsel pedig többórás magánbeszélgetést is folytatott. 
Pavelic két hónappal később Stepinac érseket az Usztasa Hadsereg Legfőbb Tábori Apostoli Lelkipásztorának nevezte ki. 1941. június 28-án az érsek a felszentelési istentiszteleten e szavakkal áldotta meg Ante Pavelicet: "Mialatt mi szívélyesen üdvözöljük Önt mint a Független Horvát Állam fejét – hangzottak az érsek szavai –, esdekelve kérjük az Ég Urát, hogy isteni bölcsességét árassza Önre, e nép vezetőjére."
Az usztasa állam késlekedés nélkül nekilátott az etnikai tisztogatásoknak. A katolikus hittételek elfogadását és megtartását kötelezővé tették minden iskolában és kormányzati hivatalban. A parkok bejáratánál és a tömegközlekedési eszközök ajtain a következő felirat jelent meg: "Szerbeknek, zsidóknak, cigányoknak és kutyáknak a belépés tilos."
1941. július 22-én Mile Budak oktatásügyi miniszter hivatalosan is megerősítette a népirtás tervét: "A szerbek egy részét megöljük, egy másik részét kitelepítjük, a maradékot pedig kényszerítjük, hogy fölvegye a katolikus vallást. Ez utóbbiakat majd magába olvasztja a horvát elem."
Az új Horvátország 6,7 milliós lakosságából összesen 3,3 millióan voltak horvát katolikusok. Több mint 2 millió szerb ortodox élt az ország területén, valamint 700 ezer bosnyák vagy cigány muzulmán és 45 ezer zsidó.
1941 decemberétől 1942 februárjáig 40 ezer szerbet végeztek ki a hírhedt jasenovaci táborban, Dachau usztasa megfelelőjében, 1942 júniusa és augusztusa között pedig 66 ezer szerb – köztük kétezer gyermek – életét oltották ki. Jasenovac krematóriumai éjjel-nappal megállás nélkül m?ködtek. Az usztasák áldozatai gyakran még életben voltak, amikor a kemencékbe dobták őket. Ezzel az eljárással azonban hamar felhagytak, mert a halálraítéltek kezelhetetlenekké váltak, amikor megtudták, milyen kegyetlen halál vár rájuk. "Az emberek sikítoztak, ordítoztak, és védekezni kezdtek – emlékezett vissza később egy usztasa tiszt. – Hogy ezt elkerüljük, úgy döntöttünk, hogy előbb megöljük, és csak azután égetjük el őket."
Az usztasa haláltáborok egyes parancsnokai és tisztjei katolikus papok voltak. Jasenovac parancsnoka, Miroslav Filipovic páter ferences szerzetes volt. Három további ferences rendi barát – Zvonko Brekalo, Zvonko Lipovac és Josef Culina – szintén usztasa tisztekként szolgáltak a háború alatt, és ők voltak Filipovic segítői a tömeges kivégzések felügyeletében. Közben az usztasa milíciák a vidéket járták, városokat és falvakat dúltak fel és raboltak ki. A kivégzések többnyire az áldozatok otthonában történtek, a legkezdetlegesebb fegyverekkel – kalapácsokkal, kaszákkal, vasvillákkal vagy szekercékkel. Az utcák mentén akasztottak holttestei lógtak. Egyeseket keresztre feszítettek, köztük Luka Avramovicot, a jugoszláv parlament egykori tagját, tízéves fiával együtt.
Az egyik jellemző rémtett során usztasa katonák 331 szerbet fogtak össze, akiket arra kényszerítettek, hogy ássák meg a saját sírjukat, majd baltákkal mészárolták le őket. A helyi ortodox pópának könyörgő imádságokat kellett mondania haldoklók lelki üdvéért, miközben a saját fiát a szeme láttára darabolták fel. Azután a pópát megkínozták: a szakállát és a haját kitépték, a szemeit kitolták, végül pedig élve megnyúzták. 
Az ortodox templomok, kolostorok és lakóházak kifosztása után az értéktárgyak ferences templomokba és rendházakba kerültek, ahonnan később a Vatikánba vándoroltak. 
XII. Pius a Horvátországba delegált személyi küldöttje, Ramiro Marcone olasz bencés apát segítségével gondosan tájékozódott a történésekről. Stepinac érsek szintén rendszeres jelentéseket küldött a Vatikánba. Egy 1944. május 8-án kelt hivatalos levélben az érsek örömmel tájékoztatta az egyházfőt, hogy addig a napig "244 ezer ortodox szerb tért be az Isten Egyházába".

A patkányjáratok vámszedői

1945 februárjában a jugoszláv partizánok bevették Zágrábot. Stepinac érsek teljes jóváhagyásával Ante Pavelic harminchat láda arany-, és két teherautónyi ezüstkincset temetett a Zágráb központjában álló ferences kolostor udvarába. Az ékszerek és aranyórák mellett a ládákba olyan fogarany is került, amelyeket a legyilkolt zsidók, cigányok és szerbek állkapcsából húztak ki.
Pavelicnek sikerült átmenekülnie Ausztriába, ahol az amerikai hadsereg fogságába esett, és Salzburg környékén börtönbe került. Már előkészületek történtek, hogy Pavelicet a nürnbergi bíróság elé állítsák, amikor az eljárás váratlanul megakadt. XII. Pius Salzburg érsekének közvetítésével elérte, hogy Pavelicet a Vatikánvárosba szállítsák, ahol a pápa személyes védelme alá vonta az usztasa diktátort.
A botrány elkerülése végett a pápa néhány héttel később elintézte, hogy Pavelic az éj leple alatt elhagyhassa Vatikánvárost. A következő három évben az usztasavezér a ferencesek védelmét élvezte.
Ez idő alatt az usztasák elhantolt kincseit a zágrábi ferences kolostorból Rómába, Rómából pedig Nápolyba szállították, ahol az aranyat és az ezüstöt rudakba öntötték, majd viszszaszállították azokat Vatikánvárosba. John Cornwell brit történész szerint a 80 millió dollárt meghaladó érték? kincset a Vatikán Bank páncéltermeiben helyezték el.
Az Amerikai Külügyminisztérium által 1998. március 30-án az usztasa vagyon sorsáról publikált jelentés szerint a horvátországi náci aranyból származó bevételen túl a Vatikán milliókat halmozott fel a menekülő háborús b?nösöknek kiállított hamis útlevelek kiárusításával, és a hírhedt "patkányjáratok" létrehozatalával is. Ez utóbbi elnevezés lett a titkos útvonalak megjelölése, amelyeken át náci tisztek menekülhettek el a háborús b?neikért rájuk váró felelősségre vonás elől. A Vatikánban megszervezett "patkányjáratokon" keresztül szökhetett az usztasa felső vezetés Triesztbe, Rómába vagy Genovába, onnan pedig tovább semleges államokba, elsősorban Argentínába.
A "patkányjáratok" szervezője Krunoslav Dragonovic ferences szerzetes volt, aki a Vöröskereszt alkalmazottjának adta ki magát, az amerikai hírszerzés értesülései szerint viszont valódi szerepe abban állt, hogy a náciknak Dél-Amerika felé menekülési útvonalat készítsen. 1946 és 1947 között Dragonovic a Szent Jeromos Kollégiumban tartotta védelme alatt Klaus Barbie-t, a lyoni hóhért. A menekülő háborús b?nösök oltalomra leltek a Vatikánvárosban, és új személyazonosságot kaptak.
Az védelemért magas árat kellett fizetni. A náci menekülteket a hírek szerint arra kötelezték, hogy teljes vagyonuk 40-50 százalékáról – beleértve a zsákmányolt javaikat is – mondjanak le a Vatikán javára. Klaus Barbie mellett az egyház olyan háborús b?nösöket is oltalmába vett, mint Adolf Eichmann (akinek Uki Gori argentin szerző szerint egy magyar származású ferences szerzetes készíttetett útlevelet); Eduard Roschmann, a "rigai mészáros"; Walter Rauff SS-tábornok, az elgázosításra használt teherautó feltalálója; Gustav Wagner, a sobibori megsemmisítő tábor parancsnoka vagy – egyes források szerint – Joseph Mengele doktor, az auschwitzi "halál angyala". A Vatikánban kiállított útlevelükkel a menekülő nácik szabadon átkelhettek Dél-Amerikába, Ausztráliába vagy az Egyesült Államokba. Az amerikai külügyminisztérium adatai szerint összesen 30 ezer náci szökött el az igazságszolgáltatás elől a Vatikán segítségével.
Draganovic nemcsak a Nemzetközi Vöröskereszt hamisított útlevelével látta el Pavelicet, hanem – kétszáz másik rangidős usztasa tiszttel együtt – személyesen kísérte el Buenos Airesig. Mielőtt hazatért volna Rómába, Dragonovic az argentin egyházi hierarchia előkelő tagjainak oltalmára bízta védencét, akit Juan Perónnak is bemutatott. Pavelic egy spanyolországi utazása során halt meg szívrohamban, 1959-ben. Temetése ünnepélyes egyházi szertartás szerint történt.