A több mint két évtizede húzódó ügyben október 6-án kezdődik meg a tárgyalás, amely során – Orlando Villoni bíró közleménye szerint – a gyilkosság megrendelőjeként Pippo Calò, a Cosa Nostra volt "pénztárosa", kivitelezőiként pedig Ernesto Diotallevi egykori római maffiafőnök, Flavio Carboni szardíniai üzletember és annak exbarátnője, a német származású Manuela Kleinzig kerülnek a vádlottak padjára. Bár a Calvi halálesete után lefolytatott londoni rendőrségi vizsgálat öngyilkosságnak minősítette az esetet, ebben már akkor sem hitt senki, sem Rómában, sem Londonban. Az angol rendőrségi vizsgálat eredményét végül tizenhat évvel később semmisnek nyilvánították, miután Calvi testét exhumálása után megvizsgálva igazságügyi orvosszakértők megállapították, hogy az "Isten bankáraként" ismert férfit valójában meggyilkolták. Az újabb vizsgálatok fényében az öngyilkosság elmélete nemcsak azért bizonyult helytelennek, mert az olasz bankár azon a helyen nem tudta volna "segítség" nélkül felakasztani magát, hanem mert nyakcsigolyáinak sérülései azt mutatják, hogy még halála előtt megfojtották. A megújított nyomozás szálai a Corleone bűncsalád egyik tagjához, Pippi Calòhoz vezettek, aki a vád szerint azért rendelte meg a gyilkosságot, mert Calvi megkísérelt milliókat elsikkasztani a maffiától és Licio Gelli olasz üzletembertől, a P-2 szabadkőm?ves páholy nagymesterétől. Egyes tanúvallomások szerint Licio Gelli – a megszokott ügymenetnek megfelelően – jelentős pénzösszeget adott át Calvinak, hogy az egy "pénzmosó számlán" letétbe kerüljön. Calvi azonban ahelyett, hogy elhelyezte volna a letétet, arra használta a piszkos vagyont, hogy az általa vezetett – a 17. században eredetileg papi személyek pénzintézeteként alapított – Banco Ambrosiano hatalmas deficitjét próbálja ellensúlyozni. Miután megtudta, hogy a pénzember befektetők kifizetésére elherdálta a vagyont, Gelli összeült a Corleone család tagjaival, és segített nekik azonosítani az akkor már külföldre szökött Calvi tartózkodási helyét.
A The New York Times által a 20. század legnagyobb pénzügyi botrányának kikiáltott "Ambrosiano-ügy" az előző pápa emlékére is némi árnyékot vet. A botrányok csúcsán ugyanis a nemzetközi sajtó arról írt, hogy Calvi a maffiapénzek nagy részét az Istituto per le Opere Religiose (Intézet a Vallási M?veletekhez, IOR) pénzintézeten, közismertebb nevén a Vatikán Bankon keresztül mosta tisztára. A tranzakciókban vatikáni részről Paul Marcinkus litván származású chicagói érsek, az IOR elnöke volt Calvi cinkostársa. Amikor a kártyavár már összeomolni készült, Calvi az IOR-tól próbált kölcsönt felvenni, amelynek vagyonát a pénzember egy feljegyzésében tízmilliárd dollár értékűre becsülte. Miután Calvi egyre sürgetőbb kérései ellenére Marcinkus elutasította a vagyoni támogatást, Calvi elhatározta, hogy a letartóztatás elől elmenekül az országból. A bankár – Avro Manhattan történész 1985-ben megjelent, I. János Pál halálának körülményeit vizsgáló könyve (Murder in the Vatican) szerint – csomagolás közben fiának, Ninónak ezt mondta: "Olyan dolgokat fogok nyilvánosságra hozni, amelyek alapjaiban fogják megrázni a Vatikánt. A pápának le kell majd mondania."
Karol Wojtyla negyedszázados pápaságának dicstelenebb emlékiratai között fogják nyilvántartani azt a levelet, amelyben a Banco Ambrosiano milánói részvényeseinek egy csoportja még 1981 januárjában fordult az egyházfőhöz, azzal a kéréssel, hogy a Szentszék vizsgálja ki a Marcinkus, Calvi és Gelli közti gyanús tranzakciókat. II. János Pál azonban nem adott választ a milánói részvényeseknek, sőt a vádakkal dacolva a Pápai Bizottság a Vatikánváros Államáért elnevezésű szerv elnökévé emelte Marcinkus érseket. A pápai gesztus azért is arculütésként ért többeket, mert az előléptetés 1981. szeptember 28-án, pontosan a Marcinkus és munkatársai elmozdításáért fellépő I. János Pál halálának harmadik évfordulóján történt.