Végig harcolta a cubai és hispanioliai (1510) háborúkat, aztán követte Hojedát a Darien-öbölbe, majd Balboát a Panama-szoroson keresztül a Déli-tengerbe, de ezek a vállalkozásai nem igen jártak sikerrel. Hernando de Luquevel és Diego de Almagróval, a déli partvidék meg a Cordillerák mögötti aranyország fölfedezésére; 1524-25. és 1526-27. két fölfedezési utat tett, melyek alkalmával Peru és Ecuador partjait átkutatta. Mivel Panama helytartója vonakodott őt az expodicióhoz szükséges eszközökkel és költséggel fölszerelni, Pizzaro visszament Spanyolországba, hol sikerült kieszközölnie, hogy a kormány 1529 jul. 26. kinevezte Peru helytartójává és főparancsnokává. Ezután P. 1530 jan. 180 emberrel hajóra szállt Peru meghódítására, s midőn csapatai még 100 kalandorral erősödtek, 1532. a Taugarara völgyében tábort ütött s a San Miguel de Piura várost alapította; még ugyanazon év szept. a tartomány belsejébe hatolt s mivel Peru két inkája, Atahualpa és Huascar egymással viszálykodtak, P. a cajamarcai vérfüdő után az elsőt elfogatta s bár a fogoly fejedelem a kivánt roppant váltságdíjat lefizette, 1533 aug. 29. mégis megfojtatta s azután máglyán elégettette. Ezután bevonult Cuzcóba, birtokba vette egész Perut, melynek új fővárost alapított (Limát), s a tartományt, a perui benszülöttek folytonos lázongása közben is ügyesen és vasmarokkal kormányozta. 1538. legyőzte vetélytársát, Almagrót is, akit kivégeztetett, de később ugyanennek barátai P.-t is meggyilkolták.

Testvérei közül Pizzaro. Gonzalo 1544. Peu helytartója lett, de 1548. mint lázadót kivégezték. Csak Pizzaro Hernando révén, ki Pizzaro. egyik leányát vette nőül, élt és maradt fönn Spanyolországban a Pizzaro-család, melynek egyik utódját IV. Fülöp Maques de la conquista címmel ruházta föl.